1. Скачиваем программу MKVmerge GUI здесь.
2. Устанавливаем программу и запускаем её.
3. Нажимаем вкладку Файл - Настройки и в самой первой вкладке mmg ставим Галочку там как показано на рисунке и потом нажимаем ОК:

4. Нажмите кнопку добавить и выбираем файл (фильм), который требует замены дорожки (дорожек):

5. Снова нажимаем кнопку добавить и выбираем звуковую дорожку (дорожки), которую хотите использовать. С ненужных дорожек снимаете Галочки:

6. Использую кнопки Вверх, Вниз перетаскиваете нужные дорожки вверх а ненужные (со снятыми галочками) вниз.

7. Выбрав (левым кликом мыши) добавленную дорожку (дорожки) во вкладке Общие параметры дорожки выполняем следующие действия:
- добавляем название дорожки (по желанию, но не обязательно);
- меняем язык на тот (страна), которому соответствует ваша дорожка;
- флаг дорожки по умолчанию ставим Да для той которая встанет по умолчанию, для всех остальных, которые потом можно будет выбрать ставим Нет;
- выбираем путь (если хотим сохранить файл в другой диск), если в тот же раздел, то просто нажимаем кнопку Начать обработку.

8. Ждем 3 - 10 минут (в зависимости от размера файла) и вуа ля - Готово! Удаляем старый файл и переименовываем новый (удаляем индекс (1).
Успехов в Ваших начинаниях!!! Я делаю именно так, как описал выше.

Формат изображения: 2.35 : 1
Формат копии: D-Cinema
Изображение: цветное

x264 [info]: frame I:741 Avg QP:11.70 size:327620
x264 [info]: frame P:23597 Avg QP:16.45 size:108920
x264 [info]: frame B:81455 Avg QP:18.88 size: 31682

Общее
Уникальный идентификатор : 235345075748771187442309546146124773040 (0xB10DD017E9673FC5B0E365B995E3B6B0)
Полное имя : F:\Скачка торрент\Sammys.Adventures.The.Secret.Passage.3D.BDRip1080p.HalfOverUnder.(Killbrain).mkv
Формат : Matroska
Версия формата : Version 2
Размер файла : 5,81 Гбайт
Продолжительность : 1 ч. 13 м.
Общий поток : 11,3 Мбит/сек
Название фильма : Sammy's Adventures: The Secret Passage 3D (2010) by Killbrain
Дата кодирования : UTC 2012-09-30 17:27:14
Программа кодирования : mkvmerge v5.8.0 ('No Sleep / Pillow') built on Sep 2 2012 15:37:04
Библиотека кодирования : libebml v1.2.3 + libmatroska v1.3.0
Видео
Идентификатор : 1
Формат : AVC
Формат/Информация : Advanced Video Codec
Профиль формата : High@L4.1
Параметр CABAC формата : Да
Параметр ReFrames формата : 4 кадра
Идентификатор кодека : V_MPEG4/ISO/AVC
Продолжительность : 1 ч. 13 м.
Битрейт : 9584 Кбит/сек
Ширина : 1920 пикселей
Высота : 1080 пикселей
Соотношение сторон : 16:9
Режим частоты кадров : Постоянный
Частота кадров : 23,976 кадра/сек
Цветовое пространство : YUV
Субдискретизация насыщенности : 4:2:0
Битовая глубина : 8 бит
Тип развёртки : Прогрессивная
Бит/(Пиксели*Кадры) : 0.193
Размер потока : 4,92 Гбайт (85%)
Заголовок : Sammy's Adventures: The Secret Passage 3D (2010)
Библиотека кодирования : x264 core 128 r2216 198a7ea
Настройки программы : cabac=1 / ref=4 / deblock=1:-3:-3 / analyse=0x3:0x113 / me=umh / subme=9 / psy=1 / psy_rd=1.00:0.15 / mixed_ref=1 / me_range=24 / chroma_me=1 / trellis=2 / 8x8dct=1 / cqm=0 / deadzone=21,11 / fast_pskip=1 / chroma_qp_offset=-3 / threads=3 / lookahead_threads=1 / sliced_threads=0 / slices=4 / nr=0 / decimate=1 / interlaced=0 / bluray_compat=0 / constrained_intra=0 / bframes=6 / b_pyramid=2 / b_adapt=2 / b_bias=0 / direct=3 / weightb=1 / open_gop=0 / weightp=2 / keyint=240 / keyint_min=23 / scenecut=40 / intra_refresh=0 / rc_lookahead=60 / rc=crf / mbtree=1 / crf=17.0 / qcomp=0.70 / qpmin=0 / qpmax=69 / qpstep=4 / vbv_maxrate=50000 / vbv_bufsize=50000 / crf_max=0.0 / nal_hrd=none / frame-packing=4 / ip_ratio=1.40 / aq=1:0.90
Язык : Russian
Default : Да
Forced : Нет
Аудио #1
Идентификатор : 2
Формат : DTS
Формат/Информация : Digital Theater Systems
Идентификатор кодека : A_DTS
Продолжительность : 1 ч. 13 м.
Вид битрейта : Постоянный
Битрейт : 755 Кбит/сек
Каналы : 6 каналов
Расположение каналов : Front: L C R, Side: L R, LFE
Частота : 48,0 КГц
Битовая глубина : 24 бит
Метод сжатия : С потерями
Размер потока : 397 Мбайт (7%)
Заголовок : DTS / 5.1 ch / 755 kbps / 24 bits / Русский дубляж BD
Язык : Russian
Default : Да
Forced : Нет
Аудио #2
Идентификатор : 3
Формат : DTS
Формат/Информация : Digital Theater Systems
Идентификатор кодека : A_DTS
Продолжительность : 1 ч. 13 м.
Вид битрейта : Постоянный
Битрейт : 755 Кбит/сек
Каналы : 6 каналов
Расположение каналов : Front: L C R, Side: L R, LFE
Частота : 48,0 КГц
Битовая глубина : 24 бит
Метод сжатия : С потерями
Размер потока : 397 Мбайт (7%)
Заголовок : DTS / 5.1 ch / 755 kbps / 24 bits / Украинский дубляж BD
Язык : Ukrainian
Default : Нет
Forced : Нет
Меню
00:00:00.000 : :Chapter 01
00:05:41.674 : :Chapter 02
00:10:11.944 : :Chapter 03
00:15:24.840 : :Chapter 04
00:19:53.859 : :Chapter 05
00:24:02.232 : :Chapter 06
00:30:18.358 : :Chapter 07
00:38:58.461 : :Chapter 08
00:43:26.687 : :Chapter 09
00:46:20.819 : :Chapter 10
00:53:00.886 : :Chapter 11
00:58:38.473 : :Chapter 12