Полазив на форуме hyperdesk'a и благодаря продолжительным экспериментам пользователя nkarotrost, удалось выяснить следующее:
1. Hyperdesk устанавливается полностью, кроме кнопки "Пуск", если:
а. масштаб 100%;
в. нет других тем от сторонних производителей;
с. ставить галочку "всегда отображать значки, а не эскизы" в настройках параметров папок (для правильного отображения вида папок и некоторых файлов).
2. Для корректного отображения кнопки "Пуск"необходимо каждый раз после загрузки компа ставить галочку "использовать маленькие значки" в свойствах таксбара. Кнопка не меняется при масштабе более 100% и остаётся обычной виндовской.
3. В теме Hyperdesk - DarkMatter Subspace ярлычки находятся в C:\Windows\Resources\Themes\DarkMatter Subspace\Icons\DMSS Dark.icl. В других темах - по аналогии.
4. При увеличении масштаба изображения на мониторе через персонализацию, помимо некорректного отображения кнопки "Пуск", начинают растягиваться по вертикали кнопки "свернуть", "свернуть в окно" и "закрыть окно". Этого не происходит, если применить тему Hyperdesk "basic" вместо "aero". На кнопку "пуск" это не влияет.
5. Иногда для корректного применения Hyperdesk необходимо через персонализацию применить сперва базовую упрощенную тему "Windows 7 - упрощенный стиль".
Всё это не значит, что так же будет работать и на других компах, но попробовать стоит.