1). Установить UniversalThemePatcher,
2). Выбрать папку с темой
3). Запустить файл EXE соответствующий названию темы
4). Запустить Full Glass.exe
5). Поставить в автозагрузку Full Glass.exe именно он дает прозрачный еффект

Все повычищал, ни каких вирусов, оставил только рабочие проверенные темы. Относительно Full Glass.exe - некоторые продвинутые антивирусы могут реагировать на этот файл, это нормально - не пугайтесь, без него не будет стеклянного эффекта. Возможны изменения шрифта на белый, но вполне читабельный (скрин из Opera), странно, но проявляется только на руторе. Особой проблеммы в этом не вижу. Пользуйтесь...