System Ninja оснащена дополнительными утилитами, в числе которых есть Startup Manager, Process Manager, PC Analysis, а также инструментами —

• NinjaScript Editor — синтаксический редактор, позволяющий упростить создание скриптов для System Ninja, расширяющие его возможности по поиску мусорных файлов.
  
• FileAnalyzr — анализатор файлов, умеет автоматически возвращать контрольные суммы (MD5, SHA1 и SHA-256), дату и время последнего доступа, дату создания и размер на диске и многое другое.
  
• Registry Cleaner — поиск и удаление ненужных ключей реестра.

• Сканирование и анализ по всей файловой системе.
  
• Графический интерфейс пользователя.
  
• Очитка истории системного реестра.
  
• Менеджер управления автозапуска программ.
  
• Сканер Process Malware Scanner для обнаружения вредоносных программ при анализе файлов.
  
• Наличие деинсталлятора программы.
  
• Менеджер процессов.
  
• Инструмент CCEnhancer, позволяющий взаимодействовать совместно с популярной утилитой для очистки системы CCleaner